Объективности ради, следует отметить, что, кроме преимуществ, подземные водохранилища имеют и ряд недостатков. Одним и них является ограниченность количества воды, которая может в них аккумулироваться.

Ведь подземная вода заполняет лишь поры грунта, поэтому при равных размерах подземное водохранилище может содержать лишь 20-30% запасов воды поверхностного. В связи с этим важнейшей задачей гидрогеологов и гидротехников, занимающихся конкретными вопросами восполнения запасов подземных вод для крупных водопотребителей, являете поиск подходящих, подземных резервуаров.

При этом приходится заботиться не только об их размерах и пористости грунта-заполнителя, но и о надежности «берегов» подземного водохранилища — они должны быть непроницаемы и не должны допускать утечек воды. Но если этот вопрос достаточно сложно решается при исследовании ложа поверхностных водохранилищ, то для подземных он труден вдвойне.

Естественные подземные емкости часто обнаруживаются в виде понижений водоупорных слоев земли, межгорных впадин, песчаных и гравийно-песчаных линз и т. д. В каждом отдельном случае подземное водохранилище может быть оконтурено и детально разведано с помощью бурения скважин и геофизических методов исследования.

Когда природные гидрогеологические условия не позволяют непосредственно использовать подземные емкости для устройства водохранилищ, возможно создание искусственных водохранилищ. При этом требуется обустройство подпорных плотин, перегораживающих подземные «реки» и поднимающих их уровень.

Подземные плотины могут создаваться в грунте в виде цементационных завес, глиняных или бутобетонных стенок.